Ново-Афонский монастырь был основан в 1875 году монахами Старого Афона (по-гречески - «тихий, безлюдный») - монастыря, расположенного в Греции на гористом и лесистом полуострове Агион - Орос в Эгейском море, на восточном выступе Халкидонского полуострова.
Наиболее активно свою деятельность монастырь начал после утвержденного 8 декабря 1879 года Императором Александром II «Устава Ново-Афонского монастыря». Устав давал широкие права монахам не только в миссионер-ской, но и в хозяйственной деятельности. 1886 году Новый Афон удостоил своим посещением царь Александр III. На месте встречи царя и настоятеля монастыря монахи построили часовню. Дорога, пройденная царем от храма Симона Канонита до Ново-Афонского монастыря, названа «царской аллеей».
Вслед за царем Новый Афон начали посещать и сановники Российской империи. Постоянным посетителем монастыря стал наместник Кавказа – брат царя, великий князь Михаил, который счел нужным опекать этот монастырь.
С 90-х годов XIX века Новый Афон становится крупнейшим религиозным центром Российской империи на Черноморском побережье Кавказа.
В Новом Афоне Монастырские корпуса с церквями строились в 1883-1896 годах. В центре западного корпуса возвышается 50-метровая колокольня с часами, мелодичный бой которых слышен далеко в округе. Под колокольней расположена бывшая монастырская трапезная, стены которой, как и в маленьких церквях, расписаны фресками, выполненными известными «волжскими богомазами» - братьями Оловянниковыми.
В центре четырехугольника, образованного корпусами монастыря, высится Пантелеймоновский Собор, построенный в 1888-1900 годах. Его венчают пять куполов, высота центрального – 40 метров. Длина собора 53,3 метра, ширина – 33,7 метра. Он построен в так называемом нововизантийском стиле, весьма распространенном в русском церковном зодчестве конца XIX -начала – XX века. Стены изнутри богато расписаны в 1911-1914 годах мастерами из села Палех, Владимирской губернии и группой московских художников под руководством Н.В.Молова и А.В.Серебрякова. Фрески отличаются сочетанием главным образом голубых, коричневых и золотистых тонов. В ряде случаев отмечается отход от канонов иконописи, что особенно относится к изображению Марии Магдалины, выполненного рукою известного русского художника М.В.Нестерова, а также к сцене Страшного суда у центрального входа. Стенные росписи Пантелеймоновского собора интересны и в том отношении, что они являются одним из последних памятников русской, церковной иконописной школы.
Ново-Афонский собор – крупнейшее культовое сооружение Абхазии. В настоящее время здесь открыто Ново-Афонское Епархиальное Духовное училище.